Qui, come nel resto della Tanzania, le stagioni sono fondamentalmente due: la stagione secca e la stagione verde.
 
La stagione umida o verde va da novembre a maggio e al suo interno vi è la stagione delle piccole piogge che va da novembre, mese più piovoso dell’anno, a dicembre e la stagione delle grandi piogge che va da marzo, quando iniziano le piogge monsoniche, fino a metà maggio, in questo periodo il picco delle piogge si verifica nel mese di aprile; mentre nel mese di gennaio e nella prima parte di febbraio tendenzialmente non piove.
 
Questa è una stagione dell’anno entusiasmante, gli alberi e le praterie sono verdi e rigogliose e popolate da molti animali, in particolare nelle pianure del nord dove, da dicembre a marzo, si trova la Grande Migrazione di gnu e zebre; questo è anche il periodo che coincide con le nascite dei cuccioli, fenomeno osservabile soprattutto in febbraio; solitamente è un evento che attira molti predatori che cercano di approfittare della situazione.
 
La stagione secca invece va da giugno ad ottobre e solitamente è il periodo migliore per avvistare gli animali che si concentrano in prossimità delle fonti di acqua disponibili; inoltre la vegetazione è più scarsa quindi gli avvistamenti sono più facili.
 
Spesso nei mesi da giugno fino a metà agosto sul bordo del Cratere i Ngorongoro vi è la nebbia, molto fitta soprattutto al mattino, che si dirada solo nel tardo pomeriggio quando l’aria si riscalda a sufficienza; dopo la metà di agosto questo fenomeno si riduce fino a scomparire nei mesi di settembre ed ottobre.
 
I game drive nel Cratere di Ngorongoro sono eccezionali in questo periodo, inoltre è il periodo migliore anche per visitare il Cratere di Empakaai e il Lago Ndutu, in questi luoghi gli animali residenti si radunano intorno alle fonti di acqua permanenti.
 
Il clima degli altipiani, durante tutto l’anno, tende comunque ad essere più instabile e molto variabile rispetto al clima di zone a quote più basse, questo è dovuto principalmente all’escursione termica che si registra tra il giorno e la notte.