Il Namib-Naukluft è il parco più esteso dell’intero continente africano con una superficie di 49.768 kmq che ha raggiunto in fasi successive dalla sua fondazione ad oggi.
L’area è stata abitata fin dai tempi dell’età della pietra, sul fiume Kuiseb sono stati registrati ritrovamenti di reperti archeologici che portano ad affermare che comunità semi-nomadi di pastori utilizzassero la zona probabilmente grazie ad un facile accesso all’acqua.
I Topnaar vivono ancora lungo il fiume Kuiseb all'interno del parco, grazie a diritti di residenza concessi dalla regina Vittoria più di un secolo fa.
Nel 1907 il governatore dell’Africa Tedesca del Sud Est, Friedrich von Lindequist, l’amministrazione coloniale decise di proteggere la zona compresa tra i fiumi Kuiseb e Swakop e creò quindi la Game Reserve 3; mentre la numero 1 era costituito dalla Caprivi Occidentale e la numero 2 l’Etosha.
Ampliamenti successivi aggiunsero alle aree protette anche il Sandwich Harbour nel 1941 e, nel 1956, il Kuiseb Canyon, la Swakop River Valley e i Welwitschia Plains; dando così vita al Namib Desert Park.
Al parco si aggiunse anche una vasta area chiamata “Diamond Area 2”, nel 1979, quest’area ha questo nome poiché qui, nei primi anni del 1900, furono trovati i diamanti.
Nel 1968 sulle montagne del Naukluft, a ovest del deserto del Namib, venne istituito il Naukluft Mountain Zebra Park, nato per la conservazione della rara popolazione di zebre di montagna Hartmann.
Nel 1979 il Parco del Namib e il Parco di Naukluft vennero uniti grazie alla realizzazione di un corridoio di collegamento tra i due parchi, permettendo così ad orici, zebre e kudu di migrare all’interno del nuovo Parco del Namib-Naukluft.
L’ultimo ampliamento dell’area protetta è avvenuto nel 1986 quando è stata annessa la parte restante della Diamond Area 2 e una porzione della Diamond Area 1.
Dal 2013 il mare di sabbia del Namib Desert è un sito Patrimonio dell’umanità dell’UNESCO
