Il Parco del Namib-Naukluft ospita numerose specie animali, contrariamente all’idea che si può comunemente avere di un deserto senza vita, qui le creature si sono adattate per resistere al clima arido e semidesertico.
Molti sono gli insetti, i rettili e gli aracnidi che si sono adattati a queste condizioni estreme, si possono infatti trovare grilli, coleotteri, ragni, gechi, lucertole, camaleonti e serpenti tra cui la Sidewinder una piccola vipera molto veloce e velenosa, il cui nome deriva dal suo particolare movimento che le permette di scivolare sulle dune in laterale come se veleggiasse, appoggiando solo una piccola parte del corpo alla sabbia calda, evitando così di far alzare troppo la temperatura corporea.
Tutti le specie che si sono adattate a questo clima estremo sfruttano le nebbie mattutine per ricavare l’acqua di cui necessitano per sopravvivere, i tenebrionidi ad esempio hanno sviluppato un curioso sistema, mantengono il corpo esposto all’umidità che, condensandosi, crea delle micro goccioline, a questo punto inclinano il corpo e fanno scivolare in bocca l’acqua ottenuta.
Nel Deserto del Namib si incontrano anche numerosi mammiferi, le pianure di ghiaia e le dune di sabbia del deserto sono l'habitat preferito dagli orici, questi animali si possono osservare mentre procedono lenti lungo il crinale delle dune proiettando la loro ombra sulla sabbia; oltre agli orici qui si trovano anche il protele, la iena bruna, lo struzzo, numerose specie di antilopi oltre che a svariate specie di uccelli che si possono avvistare spesso sopra alle dune alla ricerca di prede.
La sezione Naukluft del parco è stata creata come santuario per la zebra di montagna di Hartmann, questi erbivori sono endemici in Namibia e si trovano solo in pochi luoghi e in numero esiguo.
In questa porzione del parco sono sono presenti anche altri animali selvatici, più di 50 specie di mammiferi sono stati registrati nelle aree adiacenti ai Naukluft come ad esempio i kudu, gli orici, le giraffe, l’antilope saltante, le antilopi saltarupe, i cefalofi grigi o silvicapra, i raficeri campestre, i leopardi, i babbuini del capo o babbuini neri, gli sciacalli dalla gualdrappa, gli otocioni, i gatti selvatici africani, le genette, i caracal, i protele crestati e gli oritteropi e i rari rinoceronti neri reintrodotti nel 2007 in occasione del centenario del parco.
Più di 348 specie di uccelli sono state registrate nel comprensorio delle montagne e le pianure adiacenti, le aquile nere, che nidifica sui ripidi pendii del Naukluft, le poiane augurali, i falchi lanarii, gli struzzi, gli avvoltoi, le otarde di Ludwig, i buceri di Monteiro e, nelle zone dove l’acqua è presente tutto l’anno, si trovano gli uccelli testa a martello, i picchi, i barbuti bianchi e neri, le ballerine del capo, gli astrildi di sant’Elena, i gonolek petto cremisi, i brubru, le allodole becco lungo, i tordi herero e i tessitori castani.
