Il bacino del Fiume Mara era abitato da un popolo di cacciatori-raccoglitori già 10.000 anni fa, anche se non si sa molto di questo popolo primitivo.
 
Successivamente, circa 2000 anni fa, arrivò dal nord, in queste terre, un popolo che parlava una lingua cuscitica e, negli anni, si unì al popolo di cacciatori-raccoglitori; a testimonianza di questa presenza sono stati ritrovati utensili, punte di frecce, terrecotte e pezzi di recinti per il bestiame nelle terre delle Conservancy più a nord.
 
I Masai giunsero in questa zona solamente verso la fine del XVII secolo, anch’essi provenivano dal nord, e più precisamente dalla odierna regione del Sud Sudan.
 
Erano più evoluti rispetto alle popolazioni precedenti, utilizzavano il ferro per costruire arnesi e lance e avevano una organizzazione militare che consentì loro di assoggettare e soppiantare i loro predecessori.
 
Nel XIX secolo avvennero due eventi catastrofici: prima si assistette a una guerra civile Masai che comportò la perdita di vite umane e di bestiame e, successivamente, arrivò la peste bovina del 1891, portata qui dal bestiame dei colonizzatori, questa decimò il bestiame rimanente, ma anche la maggior parte di bufali, gnu e altri erbivori presenti nella Riserva.
 
A seguito di questi eventi, queste terre vennero abbandonate dai Masai sopravvissuti che condussero i pochi capi di bestiame altrove.
 
Poco prima della Prima Guerra Mondiale i coloni europei iniziarono a praticare in questa zona i safari di caccia e, per quasi mezzo secolo, il Masai Mara fu una zona di caccia caratterizzata da una boscaglia fitta dove proliferavano le mosche tse tse, responsabili della malattia del sonno; questo aspetto fece si che i Masai si tennero lontano da queste terre in questo periodo.
 
Negli anni ’30 i colonizzatori britannici hanno attuato un piano per eliminare gli elefanti dalla regione del Lago Vittoria, così i pochi esemplari sopravvissuti si trasferirono verso est e si stabilirono nel bacino del fiume Mara; qui trovarono l’acqua di cui necessitavano per sopravvivere e cibo in abbondanza.
 
La loro presenza costante nella zona ha contribuito a modificare il paesaggio: una volta infatti vi erano più alberi e cespugli, ma grazie all’azione di questi animali l’Ecosistema del Grande Masai Mara ha l’aspetto che conosciamo ora, dove prevalgono le pianure ricoperte di prateria.
 
Nel 1948 l’amministrazione coloniale fondò un Santuario di Conservazione Naturale (Wildlife Sanctuary) nell’area di 520 kmq che ora è occupata dal Mara Triangle; successivamente, nel periodo che è coinciso con l’ottenimento dell’indipendenza dalla Corona Inglese, e più precisamente nel 1961, l’area fu estesa al bacino del fiume Mara per proteggere la fauna decimata dalla caccia, si pensi che i leoni sopravvissuti in quel periodo erano soltanto 9.
 
Nel 1961 il Santuario presente nel Mara Triangle divenne una Game Reserve e inglobò, quindi, anche l’area più ad est fino a coprire una superficie di 1.821 kmq che venne posta sotto l’amministrazione della Contea di Narok o Narok County Council.
 
Nel 1974 a una parte della Game Reserve venne riconosciuto lo status di Riserva Nazionale e, mentre i Parchi Nazionali erano gestiti e amministrati dal governo centrale, le Riserve Nazionali rimasero sotto l’amministrazione e la gestione delle Contee.
 
Contestualmente un’area di 159 kmq nel 1974 e un’altra di 162 kmq vennero restituite alle comunità locali e vennero annesse alle aree di allevamento già esistenti.
 
Questo ridusse l’area della Riserva Nazionale e nel 1984 la Riserva Nazionale aveva una superficie di 1.510 kmq; inoltre consentì ai Masai di continuare ad utilizzare queste aree per portare il proprio bestiame al pascolo.
 
Nel 1995 la parte occidentale della Riserva Nazionale venne separato e posto sotto il controllo e la gestione della Transmara County Council; mentre la parte restante, a est del fiume Mara, rimase sotto l’amministrazione della Narok County Council.
 
Nel 2001 la Transmara County Council cedette alla Mara Conservancy, una realtà no-profit, la gestione dell’area relativa al Mara Triangle; la gestione e i flussi di cassa divennero più trasparenti e da quel momento in quest’area vennero stabilite le basi operative di alcuni ricercatori.
 
Le aree circostanti alla Riserva Nazionale e al Mara Triangle erano terreni destinati al pascolo del bestiame gestiti dalle comunità Masai; il governo del Kenya aveva promosso la suddivisione di queste terre in porzioni più piccole concedendo la proprietà privata di queste porzioni di terra alle singole famiglie di Masai.
 
Questo da un lato avrebbe limitato il semi-nomadismo del popolo Masai che sovente, spostandosi alla ricerca di nuovi pascoli, si spingeva oltre i confini della Riserva Nazionale; di contro però, il fatto di aver concesso la proprietà privata delle terre, ha fatto si che molti Masai iniziarono a cintare i propri confini, impedendo così parzialmente agli animali selvatici di muoversi liberamente oltre i confini della Riserva.
 
Negli ultimi anni a nord, est e ovest della Riserva Nazionale del Masai Mara sono state costituite diverse Aree di Conservazione e Conservancy che si adoperano per la salvaguardia degli animali selvatici, estendendo di fatto l’area in cui questi sono liberi di muoversi sicuri e protetti alla ricerca di pascoli o di prede.