Nonostante il clima dei Makgadikgadi Pans sia semi-arido, e quindi potrebbe sembrare inospitale, in questo immenso territorio riescono a sopravvivere differenti specie di rettili e di anfibi, anche se la maggior parte di essi riescono a passare inosservati agli occhi dei visitatori.

I tronchi delle acacie, che si trovano nelle praterie, con le loro profonde fessure, offrono ospitalità a molti insetti, e questo è un vero paradiso per i gechi e per le scincidi (skink).

A livello del terreno le agame tendono imboscate alle termiti, nascondendosi in buche all’ombra dei cespugli; mentre la scincide dei cunicoli del Kalahari o Typhlacontias rohani

(Kalahari burrowing skink), che è caratterizzata dall’assenza di zampe, si muove sotto la superficie della sabbia, alla ricerca delle larve dei coleotteri; durante la stagione delle piogge, quando il pan si riempie di acqua, è possibile vederle annegate nell’acqua.

Nelle zone più sabbiose vive il geco fischiante (common barking gecko or whistling gecko), solitamente, durante le notti estive, esce dal suo rifugio per andare a caccia ed emette il suo tipico richiamo, simile a un click, che riecheggia nel deserto del Kalahari.

Qui vive anche uno degli animali più piccoli che popolano il bacino del Kalahari e, molto probabilmente, sono poche le persone che lo hanno avvistato o udito, si tratta dell’Agama makarikarica (Makgadikgadi spiny agama); questa piccola agama spinosa è endemica della zona dei Makgadikgadi Pans, si nutre i termiti e di coleotteri e vive nei tunnel che scava in prossimità dei cespugli.

I boschi di acacia sono la dimora di diverse specie di rettili tipici del bushveld, inclusi i varani, sia il varano delle rocce sia il varano di acqua(rock monitor lizard and water monitor lizard), il camaleonte orecchiuto o Chamaeleo dilepis (flapneck chamaleon) e la tartaruga leopardo (leopard tortoises).

A livello del terreno si possono incontrare diverse specie di serpenti, come il mamba nero (black mamba), il cobra camuso (snouted cobra or banded Egyptian cobra), i colubridi mangiauova o Dasypeltis (Africane gg-eater), il serpente talpa o Pseudaspis cana (mole snake) e la onnipresente vipera soffiante (puff adder).

Mentre sugli alberi si possono trovare alcuni serpenti arboricoli come il boomslang o Dispholidus typus (boomslang), il più velenoso della famiglia dei colubridi e il Philothamnus semivariegatus (spotted bush snake), anch’esso appartenente alla famiglia dei colubridi; questi serpenti si cibano prevalentemente di camaleonti, che solitamente stanno sui rami degli alberi e di uova di uccelli che nidificano tra i rami spinosi.

Per sopravvivere a un clima cosi secco e rigido molte rane, durante la stagione secca, si nascondono nel terreno dove rimangono per mesi.

La rana toro africana o Pyxicephalus adspersus (African bullfrog) riemerge dal suo guscio di fango alla fine della stagione delle piogge per muoversi sulla superficie del pan, in preda alla frenesia di accoppiarsi; queste rane sono molto aggressive, sono state avvistate mentre cercavano di aggredire dei leoni.

Le rane più piccole, appartenenti alla famiglia delle Brevicipitidae, come la Breviceps adspersus (bushveld rain frog), hanno le zampe fortificate per poter scavare il terreno e creare le loro tane.

Solitamente escono dalle loro tane quando piove e si ammassano sul terreno quando è in corso una emergenza delle termiti, accumulando più insetti sfortunati possibili.