Ipotesi attendibili fanno ritenere che la grande area, poi nota col nome di East Africa, ospitasse popolazioni san e proto-camite.
 
Questi popoli sembra che si siano stanziati nella regione a partire dal decimo millennio a. C.; successivamente la regione è stata interessata da migrazioni di genti camite, bantu, nilotiche e nilotico-camite.
 
Le prime descrizioni del litorale del Kenya si trovano nel Periplo del Mare Eritreo, documento redatto verso il 110 d.C.
 
Commercianti egiziani, greco-romani, arabi e persiani frequentarono certamente quel litorale nei secoli.
 
Gli stanziamenti arabi e persiani influenzarono in maniera determinante la storia delle regioni costiere, che a partire dalla fine del VII secolo furono conquistate da gruppi di arabi islamizzati.
 
Nel 1498 Vasco da Gama raggiunse prima Mombasa e poi Malindi e nei primi anni del XVI secolo i portoghesi imposero la loro presenza su tutti i principali centri e isole del litorale.
 
I successivi due secoli furono caratterizzati da continue lotte tra arabi e portoghesi e si conclusero con l'abbandono da parte di questi ultimi delle loro posizioni.
 
L'interesse della Gran Bretagna per quella parte dell'Africa Orientale si manifestò nel 1840 con la nomina di un console a Zanzibar; in quel periodo al sultano di Zanzibar apparteneva anche la sovranità d'un lungo tratto costiero dell'Africa orientale.
 
La concorrenza della Germania convinse l'Inghilterra ad assicurarsi un'ampia zona d'influenza in quell'area geografica, sanzionata dall'accordo anglo-tedesco del 1886.
 
La British East Africa Association prima e la Imperial British East Africa Company poi assunsero l'amministrazione della vasta regione, che prese in seguito il nome di Uganda e Kenya e che fu, nel 1895, rilevata dal governo inglese.
 
Il contemporaneo insediamento di coloni bianchi e la confisca delle terre dei nativi, in particolare delle tribù Kikuyu, determinò un grave turbamento nella vita del Paese; turbamento che si palesò, già dopo il primo conflitto mondiale, attraverso l'azione della East Africa Association e della Kikuyu Central Association.
 
Questo malcontento assunse aspetti più acuti dopo la seconda guerra mondiale sotto la guida di Jomo Kenyatta, presidente della Kenya African National Union (KANU), che raccolse grandi consensi e divenne leader autorevole del nazionalismo keniota.
 
Tra il 1952 e il 1956 il movimento terrorista Mau-mau portò la Gran Bretagna a proclamare lo stato d'emergenza e contemporaneamente ad accelerare l'introduzione di riforme politico-costituzionali.
 
Le Costituzioni del 1958, del 1960 e del 1962 portarono all'autogoverno.
 
Il 12 dicembre 1963 il Kenya conquistò l'indipendenza con l’ordinamento di una monarchia per trasformarsi in Repubblica il 12 dicembre 1964, nonostante questo fatto rimase membro del Commonwealth.
 
Jomo Kenyatta venne eletto presidente della Repubblica e capo del governo.
 
Sciolte le altre formazioni politiche, nel 1969 instaurò di fatto il monopartitismo e, nonostante vari rimpasti ministeriali e accuse di corruzione, il vecchio leader venne sempre rieletto plebiscitariamente.