I primi uomini ad abitare nella regione furono dei cacciatori raccoglitori, mentre circa 1500 anni fa iniziarono ad arrivare i Chagga e i Kamba, popolazioni di lingua Bantu; infine nel XVII secolo i Masai giunsero qui dal nord con il loro bestiame.
 
Nel 1883 lo scozzese Joseph Thompson fu il primo europeo ad avventurarsi in queste terre durante il suo viaggio verso le sponde del Lago Vittoria, giunse quasi per caso in questa terra abitata dal popolo Masai e conosciuta come Empusel, che in lingua Maa significa posto sabbioso e salato; egli fu anche il secondo europeo ad avvistare la cima innevata del Monte Kilimanjaro, dopo il missionario tedesco Johann Rebmann.
 
Egli fu colpito dalla straordinaria varietà di fauna e dal forte contrasto tra la zona molto arida del letto di lago prosciugato e le oasi paludose di un verde brillante e ricche di avifauna.
 
All’inizio del XX secolo il governo coloniale, per proteggere gli animali selvatici dalla caccia, e in particolar modo gli elefanti, vittime dei mercanti di avorio, istituì la Southern Maasai Game Reserve che comprendeva un’area molto ampia a sud di Nairobi che includeva l’odierno Parco Nazionale dell’Amboseli ee si estendeva fino alle terre ora facenti parte della Riserva Nazionale del Masai Mara.
 
Dopo la Seconda Guerra Mondiale, nell’aprile del 1948, l’Amboseli venne dichiarato Riserva Naturale e il suo confine meridionale si estendeva oltre il confine internazionale con la Tanzania e raggiungeva Meto, Namanga e Sinya fino a Oloitokitok; faceva parte dell’area protetta anche la collina di Ol Doinyo Orok dove vi era una grande abbondanza di elefanti, bufali e rinoceronti.
 
Il confine settentrionale era delimitato a nord est da Lemeiboti, mentre a nord ovest da Emparasha.
 
Quest’area venne posta sotto la giurisdizione della contea locale e copriva una superficie di 3260 kmq; ai Masai venne concesso di continuare a vivere all’interno dei suoi confini.
 
Dopo l’indipendenza del paese dalla corona britannica, nel 1961, quest’area passò sotto il controllo dei Masai e della Contea Distrettuale di Kajiado.
 
La crescita demografica e l’incremento del turismo portarono il primo presidente del Kenya Jomo Kenyatta a istituire nel 1974 il Parco Nazionale riducendone contestualmente la superficie, portandola alla dimensione attuale di 392 km; da quel momento la gestione del Parco passò sotto il controllo del Kenya Wildlife Service.
 
I Masai, fino a quel momento, si muovevano liberi sul territorio, conducendo il bestiame al pascolo e alla abbeverata fino alle falde del Monte Kilimanjaro; questo comportava non pochi problemi con la fauna selvatica che fuggiva dalle zone frequentate dai Masai, rifugiandosi in zone più aride dove non riuscivano a sopravvivere.
 
Per questo motivo, con l’istituzione del Parco Nazionale, fu fatto divieto ai Masai di vivere su questo territorio protetto e di condurvi il bestiame; vennero così rilocati nelle vicinanze dove furono scavati dei pozzi per rifornirli di acqua.
 
I Masai non accettarono di buon grado la decisione poiché non volevano abbandonare gli antichi villaggi e sostenevano di dipendere dalle risorse idriche presenti nell’area protetta a loro interdetta per far abbeverare il proprio bestiame.
 
Gli effetti sugli animali selvatici però furono positivi, infatti, senza più essere disturbati dal bestiame, questi fecero ritorno nell’area del Parco Nazionale.
 
Per vendicarsi di questa situazione i Masai iniziarono ad uccidere i rinoceronti neri e i leoni presenti nel Parco Nazionale; i pochi rinoceronti sopravvissuti furono in seguito rilocati altrove, mentre la popolazione di leoni attuale soffre ancora della decimazione subita, infatti vi è una concentrazione minore rispetto ad altri parchi di questi meravigliosi felini.
 
Alla fine il governo concesse ai Masai l’accesso ad alcuni pozzi per l’approvvigionamento di acqua; tutt’oggi sussiste il problema dell’acqua per questo popolo e spesso, soprattutto durante la stagione secca, è possibile avvistare qualche Masai che conduce il bestiame all’interno dei confini del Parco Nazionale alla ricerca di fonti di acqua, creando così un ulteriore danno al già fragile ecosistema del parco.
 
Nel 1991 l’UNESCO dichiarò il Parco Nazionale dell’Amboseli Riserva della Biosfera per proteggere l’unicità del suo ecosistema.
 
Fortunatamente oggi i Masai riconoscono l’importanza di quest’area protetta e hanno compreso l’importanza del turismo come fonte di guadagno per tutte le realtà presenti sul territorio, loro inclusi; molti Masai infatti sono diventate guide safari o lavorano nei lodge delle aree di conservazione che confinano con il Parco Nazionale.