Il 30 settembre 1966 il Botswana ottenne l’indipendenza dalla Gran Bretagna e, in quell’occasione, il suo nome venne cambiato in Repubblica del Botswana; inoltre il paese fece il suo ingresso nel Commonwealth.

Seretse Khama, nipote di Khama III, fondò, nel 1962, il Bechuanaland Democratic Party e, quando il paese ottenne l’autonomia, divenne il primo presidente nella Repubblica nel 1966 e venne rieletto nel 1969, nel 1974 e nel 1979.

Adottò una linea di autonomia nei confronti del governo di Pretoria, nonostante la vicinanza geografica e l’influenza politica del Sudafrica; inoltre appoggiò la causa della Namibia che, dopo la seconda guerra mondiale finì sotto il diretto controllo del Sudafrica.

Fu anche uno dei politici in prima linea per risolvere il problema della Rhodesia, infatti continuò a sostenere il trasferimento dei poteri dalla minoranza bianca di Ian Smith alla maggioranza nera, infine stabilì le relazioni diplomatiche con Mosca e Pechino.

Seretse Khama  governò il paese fino al 1980, anno della sua morte, e viene ricordato ancora oggi come il padre della patria.

Come suo successore alla presidenza del Botswana venne eletto Quett Ketumile Joni Masire, che rimase in carica fino al 1998.

Masire continuò la politica intrapresa dal suo predecessore, attuando una cauta apertura verso l'Occidente, riforme democratiche e una decisa condanna delle discriminazioni razziali; inoltre, come Khama, anch'egli riuscì a gestire con accuratezza gli ingenti proventi derivati dal mercato diamantifero, reinvestendoli nelle infrastrutture, nella scuola e nella salute.

Questo ha fatto del Botswana una felice eccezione nella tormentata regione del Sud dell'Africa.

Negli anni Novanta, grazie alla fine dell'apartheid e del nuovo quadro politico, migliorarono anche i rapporti con il vicino Sudafrica.

Nel 1998, il presidente Masire si ritirò a vita privata e il suo vice, Festus Mogae, fu scelto come suo successore; egli diede vita a un nuovo governo, riconfermato nelle elezioni legislative del 2004.

Mogae, in vista delle elezioni presidenziali del 2008, si ritirò lasciando l'incarico a Seretse Khama Ian Kama, figlio di Seretse Kama, che venne eletto ufficialmente nel 2009 e poi riconfermato nel 2014.

Gli abitanti del Paese conservano una forte identità nazionale e hanno una grande fiducia nel loro governo e nella loro Patria, anche i rapporti tra bianchi e neri Bantu rimasero sempre pacifici.

La storia del Botswana testimonia l’intelligente capacità nello schivare i peggiori aspetti della colonizzazione, e questo ha reso i suoi abitanti fieri e orgogliosi di loro stessi.

La straordinaria ricchezza data dai diamanti ha inoltre permesso che venissero stanziati grossi investimenti per l'educazione, per la salute pubblica e per le infrastrutture.

Gli unici che sono stati osteggiati dal governo sono stati i San, costoro chiesero di poter far ritorno alle loro terre di origine e poter vivere secondo le loro tradizioni; inizialmente venne concesso loro di stabilirsi nel Central Kalahari Game Reserve ma, in seguito alla scoperta dei diamanti nella zona, vennero scacciati.

I San nel 2002 accusarono il governo del Botswana di sfratti forzati e il caso giunse in tribunale, nel 2006 i San vinsero la causa e venne riconosciuto loro il diritto di vivere e cacciare nel CKGR, ma il governo è restio ad accettare questa decisione ed è stato accusato di violenze ed intimidazioni ai danni dei San.

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