Elementi del periodo neolitico furono rintracciati nel 1956 e 1958 dalla missione Davies nel Benin settentrionale.

L'esistenza di un’industria neolitica è testimoniata dalla scoperta, sempre nel Nord del Paese, ad Atakora, Somba, Savalou, Alibori, di asce di pietra levigata e altri utensili.

Tradizioni orali tramandate da popolazioni delle regioni sudoccidentali affermano che gli adja si sarebbero stanziati verso il XII o il XIII secolo lungo le rive del Mono, dove sorgeva il centro di Tado; successivamente un gruppo adja avrebbe fondato più lontano la città di Allada, o Ardra, futura capitale del regno omonimo.

Agli inizi del XVII secolo i tre figli del re Akpadi formarono, a seguito di nuove conquiste, i regni di Adjatché e di Kerelou Abomey; quest'ultimo avrà gli sviluppi più fortunati e duraturi nei XVII e XVIII secoli.

Nel 1818 il re di Abomey Adandoza fu deposto da Ghezo, conosciuto anche come Dada, cioè il Buono, il quale regnò per 40 anni, dal 1818 al 1858, dando al Paese un forte e singolare apparato militare; egli fondò il corpo delle Amazzoni col quale riuscì a sconfiggere anche gli Yoruba.

Ghezo seppe instaurare valide basi di collaborazione con gli europei e operare una coraggiosa e illuminata riconversione economica, affiancando al nefasto pilastro della tratta degli schiavi quello più edificante della coltura della palma da olio.

Le prime ricognizioni europee del litorale del Benin risalgono ai portoghesi João de Santarem e Pedro de Escobar dal 1471 al 1473; il Portogallo entrò però ben presto in lotta, lungo tutte le coste del golfo di Guinea, con gli inglesi, gli olandesi e i francesi impegnati anch'essi nell'esercizio del traffico degli schiavi, che si protrasse fino all'inizio del XIX secolo.

La Francia fondò nel 1704 a Ouidah una stazione commerciale che, abbandonata nel 1797, fu riattivata dai portoghesi per la raccolta e l'imbarco degli schiavi diretti al Brasile.

Nel 1843 M. Brue, agente della Società commerciale marsigliese Regis, stabilì i primi contatti col re Ghezo ad Abomey; ne scaturì, il 1º luglio 1851, un trattato con la Francia, la quale dieci anni dopo stabiliva il suo protettorato su Porto-Novo.

Nel 1868 il re Glèlè, succeduto a Ghezo e che governò dal 1858 al 1889, cedette Cotonou ai francesi; ma in seguito i rapporti peggiorarono e, quando nel 1890 gli succedette al trono il figlio Béhanzin, il contrasto degenerò in un aperto conflitto e il re fu esiliato a Martinica.

Il nuovo re Agoliagbo firmò l'accettazione del protettorato francese e, negli anni successivi, la Francia delimitò, attraverso convenzioni con la Germania, nel 1897, e con la Gran Bretagna, nel 1898, i confini del Dahomey et Dépendances.

Nel 1904 la colonia assunse, nel quadro della Federazione dell'Africa Occidentale Francese, una struttura politico-amministrativa definitiva e, con la Costituzione del 1946, che dava vita all'Unione francese, il Dahomey acquisì, al pari delle altre colonie francesi, lo status di territorio d'oltremare e, con la “Loi Cadre” del 1956, ottenne l'autonomia interna nel contesto della Comunità Francese.